Наша история начинается задолго до момента, с которого начат фильм. Алесса Гиллеспи, дочь Далии, была учится в школе Мидвич, где её преследуют и ненавидят одноклассники. Сектанты во главе с их предводительницей - Кристабеллой убеждены, что девочка — ведьма. Они попытались «очистить» её огнём, но вместо этого страшно обожгли её, заодно вызвав уничтоживший город подземный пожар. Алессе было одиноко и страшно, ведь они причинили ей столько боли! А когда тебе долго больно и страшно, то страх и боль превращаются в ненависть. Ненависть Алессы росла и росла, распаляясь изнутри. Она была настолько сильна, что навредила даже полюбопытствовавшей медсестре, наградив её слепотой и страшными ожогами на лице. Тогда-то душа девочки и раскололась на две половинки: темную (Девочку-Демона) и светлую - Шэрон (внешне — абсолютную копию Алессы, только моложе; Алесса спрятала Шэрон подальше от ада, творящегося в Сайлент Хилл в окружном приюте округа Толука, в Эшфилд). Там, вдалеке, Шэрон вспоминала Сайлент Хилл в своих снах. А Демон-Алесса преследует Кристабеллу, которая убеждена, что осталась единственной силой, способной противостоять Апокалипсису.
И, затем.....
Шэрон ДаСилва, лучшая часть Алессы, подвержена лунатизму. Во сне её мучают кошмары, в которых она оказывается в Сайлент Хилле. Приёмная мать девочки, Роуз ДаСилва хочет отвезти её в город, чтобы Шэрон могла избавиться от кошмаров. Муж Розы, Кристофер ДаСилва, категорически против такого решения, однако Роуз всё равно везёт Шэрон в Сайлент Хилл. По дороге за ними пускается в погоню полицейская патрульная Сибил Бенетт, подозревающая, что Роуз — очередной маньяк, везущий похищенного ребёнка в Сайлент Хилл, чтобы убить (Беннет уже сталкивалась с подобными случаями). В итоге они оказываются в Сайлент Хилл все вместе.
При въезде в город странная фигура появляется на дороге перед машиной Роуз; при попытке избежать столкновения та попадает в аварию. За ними врезается в ограждение и мотоцикл Беннет. Очнувшись после удара, который должен был убить обеих, Роуз обнаруживает, что её дочь исчезла. Под городом много лет бушует подземный пожар, из-за которого жители покинули Сайлент Хилл. С неба начинает падать пепел. ДаСилва принимается искать дочь и встречает Далию Гиллеспи — неухоженную и безумную женщину неопределенного возраста, которая тоже ищет свою пропавшую дочь.
Со временем Беннет, которая непостижимым образом тоже выжила после аварии, настигает Роуз. Сначала она по-прежнему пытается арестовать Роуз, но позже начинает ей верить, особенно после того, как они сталкиваются с какими-то невероятными существами, больше всего похожими на порождение ночного кошмара — не то демонами, не то зомби. Существа эти появляются из непроглядной тьмы, которая регулярно накрывает Сайлент Хилл. Только чудом женщинам удается раз за разом оставаться в живых. Они следуют указаниям, которые находят в странных рисунках, похожих на рисунки Шэрон. А попытавшись вернуться за помощью, они обнаруживают, что на месте въезда в Сайлент Хилл теперь расстилается огромная расщелина, дна которой не видно, из-за вездесущего тумана.
Затем они находят странную общину религиозных фанатиков, которые убеждены, что только непоколебимая вера способна спасти их от ужасов и гибели. Общину возглавляет Кристабелла. Члены общины пытаются помочь Роуз найти её дочь, но постепенно Розе открывается страшная правда — именно Кристабелла виновна в участи, постигшей город много лет назад.
В это время Кристофер ДаСилва пытается попасть в Сайлент Хилл, где пропали его жена и дочь. Инспектор Томас Гуччисначала пытается ему воспрепятствовать, но затем ведет его по городу, где нет никаких следов пропавших. К тому же, Кристофер и Томас не видят при въезде в город никакой расщелины. Не найдя ответов в Сайлент Хилл, Кристофер пытается выяснить правду, вламывается в закрытый архив, где хранятся полицейские протоколы из Сайлент Хилл, но узнает только, что его приемная дочь невероятно похожа на Алессу Гиллеспи, которую Томас когда-то спас от смерти на раскалённых углях общины Кристабеллы, хотя Алесса навсегда осталась инвалидом. В приюте, куда подкинули много лет назад Шэрон, ему отказываются рассказать об обстоятельствах появления девочки. Томас вынуждает его вернуться домой и обещает, что для спасения его родных будет предпринято всё возможное. Видно, что Томас знает о Сайлент Хилл гораздо больше, чем хочет рассказать (и, возможно, гораздо больше, чем ему хотелось бы знать). Кристофер вынужден подчиниться.
Кристабелла случайно видит медальон Роуз с портретом Шэрон и узнаёт в ней Алессу. Она начинает преследовать Розу и Беннет. Беннет попадает в руки фанатиков, которые сжигают её заживо. В это время Роуз пробивается через заселённый монстрами старый госпиталь, где, в последней комнате, она находит настоящую Алессу и её тёмную половину. Последняя рассказывает Роуз всю историю ада Сайлент Хилл и предлагает сделку: женщина помогает Демону проникнуть в собор, где запираются на время тьмы сектанты, а Демон взамен помогает спасти Шэрон. Самостоятельно Демон не способна войти в собор — слепая вера фанатиков является для неё непреодолимым заслоном. Однако Роуз может пронести Демона в себе.
Тем временем Кристабелла готовит огненную казнь и для Шэрон, которую она обнаружила прячущейся у Далии. Роуз приходит в собор как раз перед сожжением дочери. Роуз, пробиваясь сквозь толпу фанатиков, пытается донести до Кристабеллы, что её Апокалипсис — выдумка, что мир продолжает существовать, и только она виновата в проклятии, постигшем Сайлент Хилл. Кристабелла ударяет Роуз ножом. В этот момент тьма выходит из раны Роуз, и тем самым зло пробирается в собор. Появляется Алесса и темная сторона Алессы. Алесса, прикованная к кровати, убивает всех выживших горожан с помощью бинтов и живой колючей проволоки, но не трогает свою мать, Роуз и Шэрон. Роуз освобождает Шэрон, закрывает глаза и просит поступить её точно так же, но в какой-то момент Шэрон открывает глаза, и перед ней предстает темная сторона Алессы, которая вселяется в девочку. Происходит разговор между Далией Гиллеспи и Роуз, а затем Алесса, вселившаяся в тело Шэрон, и Роуз "уезжают" из города, хотя на самом деле остаются в этой реальности. Кристофер ждет их дома ,но вряд ли им удасться когда -нибудь уехать оттуда.